重庆巴南治疗梅毒比较好的三级医院包括陆军军医大学第一附属医院、重庆市妇幼保健院、重庆医科大学附属儿童医院、陆军军医大学第二附属医院、重庆市公共卫生医疗救治中心.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。陆军军医大学第一附属医院是全国病理科医院排行榜第5位、重庆市妇幼保健院是全国生殖医学科医院排行榜第7位、重庆医科大学附属儿童医院是全国小儿外科医院排行榜第3位、陆军军医大学第二附属医院是全国血液学医院排行榜第9位、重庆市公共卫生医疗救治中心是西南区变态反应科医院排行榜第2位。

全国病理科医院排行榜第5名:西南医院坐落于两江环抱、山水相依的重庆市沙坪坝区高滩岩上，有着悠久的历史和光荣的传统。医院前身系国民政府中央医院，1929年建于南京，1950年正式命名，现为第三军医大学第一附属医院、西南临床医学院。

全国生殖医学科医院排行榜第7名:重庆市妇幼保健院（重庆医科大学附属妇女儿童医院 、重庆市妇产科医院、重庆市遗传与生殖研究所）创建于1944年，是一所集临床医疗、妇幼保健、科研教学为一体的三级甲等妇幼保健院。

全国小儿外科医院排行榜第3名:重庆医科大学附属儿童医院于1956年由上海医学院儿科系迁渝创建，是集医教研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，最早被国家授予儿科学硕士、博士后流动站，在全国最佳医院排行榜中位居全国儿童医院第三位。

全国血液学医院排行榜第9名:新桥医院是陆军军医大学第二附属医院，建于1944年，前身是国民党军政部陆军医院，现已建设发展成为一所设备先进、学科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健等于一体的大型综合性现代化教学医院。

西南区变态反应科医院排行榜第2名:重庆市公共卫生医疗救治中心于2008年由原重庆市胸科医院与原重庆市传染病医院合并成立，历经70余年的建设和发展，已成为重庆市唯一一所集“医、教、研、防”为一体的三级传染病专科医院。