全国治疗自闭症比较好的三级医院包括海南省安宁医院、重庆市精神卫生中心、乌鲁木齐市第四人民医院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。海南省安宁医院是华南区精神医学科医院排行榜第5位、重庆市精神卫生中心是西南区精神医学科医院排行榜第5位、乌鲁木齐市第四人民医院是西北区精神医学科医院排行榜第4位。

华南区精神医学科医院排行榜第5名:海南省安宁医院（海南省精神病医院，海南省脑科医院，海南省精神卫生中心）座落于海口市区南海大道东10号，交通便利，环境优美。是一所功能齐全、设备先进、技术力量雄厚的以精神专业为主，兼顾综合科的专科医院。

西南区精神医学科医院排行榜第5名:重庆市精神卫生中心是一所集医、教、研、预防、康复、公共卫生六位一体的国家三级专科医院，隶属重庆市卫生健康委员会。中心历史悠久，于2000年由原重庆市第一精神病医院和重庆市第二精神病医院合并而成。

西北区精神医学科医院排行榜第4名:乌鲁木齐市第四人民医院（新疆精神卫生中心）始建于1938年，具有69年历史，经过几代人的艰辛努力和奋斗拼搏，现已发展成为集医疗、科研、教学、康复、预防为一体的西北地区最大的精神病三级专科医院。