上海治疗卵巢囊肿比较好的专科医院包括复旦大学附属妇产科医院、上海市第一妇婴保健院、上海交通大学医学院附属仁济医院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。复旦大学附属妇产科医院是全国妇产科医院排行榜第2位、上海市第一妇婴保健院是全国妇产科医院排行榜第10位、上海交通大学医学院附属仁济医院是全国生殖医学科医院排行榜第9位。

全国妇产科医院排行榜第2名:复旦大学附属妇产科医院设有普通妇科、妇科肿瘤科中西医结合妇科、妇科内分泌与生殖医学科宫颈与阴道早期疾病诊治中心、宫腔及输卵管疾病诊治中心、产前诊断与胎儿医学科、计划生育科、母体病理产科、普通生理科、新生儿科、乳腺科等多个全国领先优势科室。

全国妇产科医院排行榜第10名:上海市第一妇婴保健院创建于1947年2月，是我国最早成立的省市级妇幼保健院之一。1995年被评为三级甲等专科医院。2006年成为同济大学附属第一妇婴保健院。是上海市文明单位、上海市干部保健指定单位。

全国生殖医学科医院排行榜第9名:上海仁济医院建于1844年,是上海开埠后第一所西医医院。医院目前由东西南北四个院区和上海市肿瘤研究所组成,是一个学科门类齐全,集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。