全国核医学科二级医院排行榜排名靠前的医院有北京协和医院、华科大同济医学院附属协和医院、复旦大学附属中山医院、301医院、西京医院,榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。其中北京协和医院是全国核医学科医院排行榜第1位、华科大同济医学院附属协和医院是全国核医学科医院排行榜第2位、复旦大学附属中山医院是全国核医学科医院排行榜第3位、301医院是全国核医学科医院排行榜第4位、西京医院是全国核医学科医院排行榜第5位。

全国核医学科医院排行榜第1名:北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，最早承担干部保健和外宾医疗任务的医院之一，在国家三级公立医院绩效考核中两次排名第一。

全国核医学科医院排行榜第2名:华中科技大学同济医学院附属协和医院始建于1866年，是扎根武汉历史最悠久的集医疗、教学、科研于一体的国家卫生健康委员会直属的大型综合性医院，荣获全国五一劳动奖状和全国文明单位等国家级荣誉。

全国核医学科医院排行榜第3名:复旦大学附属中山医院是国家卫生健康委员会委属事业单位，是复旦大学附属综合性教学医院。医院开业于1937年，是中国人创建和管理的最早的大型综合性医院之一。

全国核医学科医院排行榜第4名:中国人民解放军总医院（301医院）创建于1953年，是集医疗、保健、教学、科研于一体的大型现代化综合性医院。医院同时又是解放军医学院，以研究生教育为主，是全军唯一一所医院办学单位。

全国核医学科医院排行榜第5名:西京医院前身是1939年在延安成立的中央医院，1954年原第四、第五军医大学合并，其附属医院也相应合并为第四军医大学第一附属医院，1984年对外称“西京医院”，2017年转隶空军。