济宁肿瘤医院始建于1989年，是鲁西南地区建院最早的肿瘤专科医院，经过三十多年的发展，目前已成为集医疗、科研、预防、康复为一体的非营利性二级甲等专科医院。

2020年5月，经济宁市委、市政府批准，医院由济宁市国有资产投资控股有限公司全建制接管。

在临床治疗上，以山东省肿瘤医院对口技术帮扶和济宁市第一人民医院（总院）派驻专家团队为依托，充分发挥“专科医院，规范治疗”优势，积极开展、引进新技术新项目，并成立了鲁西南首家肿瘤多学科会诊中心和安宁疗护病房，可对各系统肿瘤施以手术、放疗、化疗、靶向治疗、生物免疫治疗、中医中药、介入治疗、热疗、同位素治疗、射频消融、粒子植入及基因检测等规范化的综合治疗及个性化治疗。

医院在发展中始终秉承“以病人为中心，以质量为核心”的服务理念，并利用本院在市慈善总会设立的3000万元的肿瘤救助基金，面向城乡困难患者积极开展免费手术、免费治疗、部分费用减免等医疗扶贫救助活动，惠及上万困难家庭，有效地缓解了群众的就医负担。

医院先后获得中国生命关怀协会先进集体、全国百佳专科医院、山东省百佳医院、淮海经济区优秀医院、济宁市诚信医院、济宁市改革开放四十周年品牌医院等荣誉称号；曾以山东省二级医院第一名的成绩创建了“山东省癌痛规范化治疗示范病房”，并在全国GPM好病例演讲总决赛中连续三年分别获得一等奖、二等奖、三等奖各一次。同时，医院也是济宁市市级肿瘤重点专科，挂靠有济宁市任城区抗癌协会、任城区肿瘤质控中心。