广州中医药大学第三附属医院前身为广州中医学院附属骨伤科医院，创建于1985年；1993年广州中医学院骨伤科研究所成立并挂靠医院；1994年经国家中医药管理局批准为全民所有制事业单位（经费自理）；2001年广州中医药大学与广州市荔湾区（原芳村区）人民政府签订协议，以原芳村区中医医院与广州中医药大学附属骨伤科医院为基础组建广州中医药大学第三附属医院；2005年加挂广州中医药大学第三临床医学院牌子，是广州中医药大学博士后流动站和研究生、本科生教学机构。2014年底龙溪新院区I期工程顺利落成。

2015年1月起投入使用，同年10月通过国家中医药管理局三级甲等中医专科医院等级评审。2018年2月，经省编办核准，正式更名为广州中医药大学第三附属医院（广州中医药大学第三临床医学院、广州中医药大学附属骨伤科医院、广州中医药大学骨伤科研究所），下设2个分支机构：骨伤科分院、芳村分院，为公益二类财政补助事业单位。2019年12月通过三甲复审。2021年经省委编委领导批准，同意广州中医药大学骨伤科研究所更名为广东省中医骨伤研究院，仍在我院挂牌。

截至2023年12月，医院共有员工1100人。主体为卫生专业技术人才908人，其中高级职称121人（其中正高34人，副高级87人）；博士49人，硕士224人。医院入选各类国家级、省级项目人才60人，先后挂牌国医大师和全国、省名中医传承工作室7个，广东省名中医5名。2020年，医院成功引进国家重点学科带头人何伟教授及其团队，医院人才建设再上一层楼。

医院是在广州中医药大学附属骨伤科医院和广州市荔湾区芳村中医医院基础上组建而成。广州中医药大学附属骨伤科医院创建于1985年7月，2008年8月经广东省机构编制委员会批准为正处级公益二类事业单位，是省市公伤定点医疗机构、广州市首批医保定点医疗机构。2005年成立广州中医药大学第三临床医学院，实行院院合一的管理体制，是广州中医药大学博士后流动站和博士生、硕士生培养点。2015年10月通过国家中医药管理局三级甲等中医专科医院等级评审。2018年2月正式更名为广州中医药大学第三附属医院(广州中医药大学第三临床医学院、广州中医药大学附属骨伤科医院、广州中医药大学骨伤科研究所)。2021年2月，经省委编委批准，广州中医药大学骨伤科研究所更名为广东省中医骨伤研究院，仍在我院挂牌。

三十多年来，医院坚持以医疗质量和安全为主题，以重点专科建设为抓手，以“医疗、教学、科研、产业”四位一体发展模式的战略规划为突破口，坚持走专科化、特色化、品牌化的发展道路，通过精益管理和借助国内外先进的运营理念，以建设现代化中医医院、打造中医骨伤科品牌为目标，在社会各界的大力支持和全院职工的共同努力下，医院从无到有，从弱到强，医教研蓬勃发展，人才队伍不断壮大，学科及专科专病建设扎实推进，科研工作不断加强，综合实力显著提高。

随着医院的发展，领导班子不断创新思路，在广东省中医药局、广州市荔湾区人民政府和广州中医药大学等上级部门的支持下，加强新院建设。新院坐落于美丽的花地河畔，与佛山市南海区接壤，总用地面积62332平方米，规划建筑面积9.8万平方米，设置病床数1200张，Ⅰ期工程于2015年峻工并投入使用。下设两家分院（骨伤科医院和芳村中医医院）分别位于海珠区江南西路和芳村区芳信路。目前编制床位数800张，开放床位706张，设有骨伤科（含7个二级分科）、康复科、内科、外科、妇科、不孕不育科、急诊科、重症医学科、麻醉科、治未病科、针灸推拿科等临床科室，以及药剂科、制剂室、医学检验科、医学影像科、临床功能检查科（电生理检查室）、手术室、病理科、输血科、营养科、医院感染科等医技科室。2020年成功引进广州中医药大学骨伤科研究所首席教授何伟以及何伟团队。是一所以中医骨伤科为龙头，兼具中医内、外、妇、儿、针推、康复等相关配套专科的，具有鲜明中医药特色的，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的现代化中医院。

医院医疗设备齐全，拥有GE signa HDxt核磁共振成像系统、日本东芝Aquilion TSX-101A型计算机X射线断层扫描机、日本东芝TSX-021B型计算机X射线断层扫描机（ CT机 ）、日本岛津R SPEED M 型数字化X线摄影系统（ DR机 ）、日本岛津MUX-100J型移动式X线摄影系统（ 移动DR机 ）、西门子SIREMOBIL Compact L型移动式诊断C型臂X射线机、奇目Ziehm 8000移动式诊断C型臂X射线机、珠海普利德PLD5600医用诊断X射线机、UNIGMMA X-RAY PLUS 型双能X线骨密度仪、GE LOGIQ S8彩色超声诊断仪、MYLAB60彩色多普勒超声诊断仪、日本光电1350P心电图仪、日立7100全自动生化分析仪、日本 Sysmex-CA1500 全自动凝血分析仪、日本Sysmex-1000i全自动血液分析仪、雷杜血气分析仪、贝克曼生化免疫流水线、贝克曼5800生化分析仪、贝克曼DXI800化学发光分析仪、BD Phoenix 100细菌鉴定仪、BACTEC 9120血培养仪、Easycute全自动时间分辨分析仪、日本Sysmex-XN系列五分类血细胞分析仪、日本Sysmex-CA1500全自动凝血分析仪等大型医疗设备；拥有中医诊疗设备15类67种，能充分满足临床各科开展中医药特色服务。