阮祥燕从事妇产科临床、教学与科研30 余年，主持国家自然科学基金等科研项目50余项，发表论文论著400余篇，SCI 120余篇。培养硕士、博士生73人。1999 年作为人才引进至首都医科大学附属北京妇产医院，先后创建中国首个更年期综合指导中心，中国首个妇科内分泌专科，中国首个卵巢组织冻存库。阮祥燕团队在卵巢组织冻存与移植领域屡次填补中国空白：2012年创建了中国首个卵巢组织冻存库，2016年完成中国首例卵巢组织冻存移植，2020年实现中国冻存卵巢组织移植后首例自然妊娠，2021年诞生中国首例冻存卵巢组织移植后健康活产婴儿。
生育力保护、卵巢组织冻存、卵巢早衰、多囊卵巢综合征、闭经、绝经综合征、月经不调、女性不孕症、高泌乳素血症、功能失调性子宫出血、经期前综合征、围排卵期出血、黄体功能不全、排卵障碍
